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News and Highlights:
Multi-laboratory Studie welche unterschiedliche analytische Methoden vergleicht.
Comparison of analytical methods for profiling N- and O-linked glycans from cultured cell lines : HUPO Human Disease Glycomics/Proteome Initiative multi-institutional study.
Ito H, Kaji H, Togayachi A, Azadi P, Ishihara M, Geyer R, Galuska C, Geyer H, Kakehi K, Kinoshita M, Karlsson NG, Jin C, Kato K, Yagi H, Kondo S, Kawasaki N, Hashii N, Kolarich D, Stavenhagen K, Packer NH, Thaysen-Andersen M, Nakano M, Taniguchi N, Kurimoto A, Wada Y, Tajiri M, Yang P, Cao W, Li H, Rudd PM, Narimatsu H.
Glycoconj J. 2015 Oct 28. doi:10.1007/s10719-015-9625-3
Wie beeinflusst die Glycosylierung von Flagellinen ihre Funktion?
Flagellin glycosylation in Paenibacillus alvei CCM 2051T.
Janesch B, Schirmeister F, Maresch D, Altmann F, Messner P, Kolarich D, Schäffer C.
Glycobiology. 2015 Sep 24. pii: cwv087. doi:10.1093/glycob/cwv087
Welche Rolle spielt die N-glycosylierung von E-Cadherin in Magenkrebs?
Preventing E-cadherin aberrant N-glycosylation at Asn-554 improves its critical function in gastric cancer.
Carvalho S, Catarino TA, Dias AM, Kato M, Almeida A, Hessling B, Figueiredo J, Gärtner F, Sanches JM, Ruppert T, Miyoshi E, Pierce M, Carneiro F, Kolarich D, Seruca R, Yamaguchi Y, Taniguchi N, Reis CA, Pinho SS.
Oncogene. 2015 Jul 20. doi: 10.1038/onc.2015.225.
Das "How to do" PGC-LC ESI MS/MS analyse für N- und O-glycane. Eine neue Publikation aus der Glycoproteomics Gruppe
Isomer-Specific Analysis of Released N-Glycans by LC-ESI MS/MS with Porous Graphitized Carbon.
Kolarich Daniel, Windwarder Markus, Alagesan Kathirvel, Altmann Friedrich.
Methods Mol Biol. 2015;1321:427-35. doi: 10.1007/978-1-4939-2760-9_29
Wie verhalten sich Glycopeptide im Massenspektrometer? Eine entscheidende Frage im Kontext mit quantitativen Aspekten der Glycoproteomforschung.
Stavenhagen K, Hinneburg H, Thaysen-Andersen M, Hartmann L, Silva DV, Fuchser J, Kaspar S, Rapp E, Seeberger PH, Kolarich D.
Quantitative mapping of glycoprotein micro-heterogeneity and macro-heterogeneity: an evaluation of mass spectrometry signal strengths using synthetic peptides and glycopeptides
J Mass Spectrom. 2013 Jun;48(6):627-39. doi: 10.1002/jms.3210 [Link]
In diesem Buchkapitel geben wir einen Überblick über die derzeit üblichen Methoden zur Analyse von proteingebundenen N- und O-glykanen, ihre spezifischen Vor- und Nachteile. Themen wie Probenvorbereitung und deren Einfluss auf das Ergebnis werden ebenso behandelt.
"Mass Spectrometry for Glycomics Analysis of N- and O-linked Glycoproteins" by Daniel Kolarich and Nicolle H. Packer, in "Structural Glycobiology", CRC Press, edited by Elizabeth Yuriev and Paul A. Ramsland, [Link]
In Nature Protocols finden Sie eine ausführliche Anleitung zur Probenvorbereitung und Analyse von Glycopeptiden. Mit Hilfe dieser Technik können wir detaillierte Strukturinformationen von Glycoproteinen detektieren und den Einfluss von bestimmten "Triggern" auf die spezifische Glykosylierung von Proteinen bestimmen.
Determination of site-specific glycan heterogeneity on glycoproteins
Kolarich D, Jensen PH, Altmann F, Packer NH.
Nat Protoc. 2012 Jun 7;7(7):1285-98. doi: 10.1038/nprot.2012.062
PMID: 22678432, [Link]
In der selben Ausgabe wurde auch eine Arbeit veröffentlicht die es ermöglicht mittels PGC LC-ESI MS/MS detaillierte Strukturinformationen von N- und O-glykanen zu ermitteln.
Structural analysis of N- and O-glycans released from glycoproteins
Jensen PH, Karlsson NG, Kolarich D, Packer NH.
Nat Protoc. 2012 Jun 7;7(7):1299-310. doi: 10.1038/nprot.2012.063
PMID: 22678433, [Link]
In diesem Review behandelten wir das Thema welche Rolle Glykane und die Methoden zur Glykananalyse spielen um die komplexen Vorgänge in unserem Immunsystem zu verstehen.
Glycomics, glycoproteomics and the immune system.
Kolarich D, Lepenies B, Seeberger PH.
Curr Opin Chem Biol. 2012 Apr;16(1-2):214-20. Review.
PMID: 22221852, [Link]